ตะพาบน้ำที่เลี้ยงกันในประเทศไทยมี 2 สายพันธุ์คือพันธุ์ไทยและพันธุ์ไต้หวัน ซี่งเมื่ออายุได้ 18 เดือนตะพาบจะทำการผสมพันธุ์ได้ ซึ่งเป็นการผสมพันธุ์ภายใน
เพศผู้จะใช้วิธีกัดคอเพศเมียเพื่อทำการซ้อนตัวเองขึ้นด้านบน และการผสมพันธุ์จะกระทำในน้ำ ปกติมักจะผสมพันธุ์ก่อนที่เพศเมียจะวางไข่ประมาณ 16-18 ชั่วโมง
การที่ตะพาบน้ำเพศผู้กัดคอเพศเมียนั้นจะสร้างบาดแผลให้กับเพศเมีย จนเกิดการเน่าเปื่อย หรือบางครั้งอาจเกิดการตายขึ้นในบ่อได้ และเป็นเรื่องที่ต้องกล่าวถึงต่อไปในหัวข้อใหม่
โดยเมื่อตะพาบน้ำทำการผสมพันธุ์ได้ราว 16-18 ชั่วโมง ตะพาบจะเริ่มวางไข่ในช่วงเวลา ตี 3 ถึงตี 5 ของวันใหม่ หรือบางครั้งก็ในเวลาพลบค่ำ ซึ่งการวางไข่นั้นแม่ตะพาบน้ำจะใช้วิธีขุดหลุมลึกราว 10-15 เซนติเมตร หลังจากนั้นจึงวางไข่เรียงซ้อนกันในหลุมทราย หรือดิน แต่ทรายถือเป็นสิ่งที่ดีที่สุดสำหรับการวางไข่ของตะพาบ การวางไข่จะกระทำเสร็จในครั้งเดียวครั้งละประมาณ 15-30 นาที หลังจากนั้นมันจะกลบหลุมให้เสมอพื้นดินเพื่อป้องกันศัตรูเข้ามาก่อกวน จำนวนไข่นั้นขึ้นอยู่กับสายพันธุ์ด้วย ซึ่งมากน้อยไม่เท่ากัน อาจอยู่ราว 6-10 ฟองในครั้งแรกในบางสายพันธุ์ และเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ จนมากถึงครั้งละ 20-24 ฟอง เมื่อตะพาบโตเต็มที่ ตะพาบน้ำที่เลี้ยงในประเทศไทยจะวางไข่ปีละ 3-5 ครั้ง ช่วยปลายฤดูหนาว ประมาณปลายเดือนมกราคมเป็นต้น ในการเพาะพันธุ์ของตะพาบน้ำนั้น ผู้เลี้ยงต้องเข้าไปในโรงเรือนวางไข่ทุกครั้ง เพื่อค้นหาไข่นำมาเพาะฟักให้เป็นตัวต่อไป
