เม่นแคระสามารถผสมพันธุ์ได้เมื่ออายุ 3 เดือน แต่สำหรับแม่พันธุ์ควรพิจารณาจากขนาดของแม่พันธุ์และความสมบูรณ์ขณะนั้น
ด้วย หรือจะให้สมบูรณ์ดีควรรอให้แม่พันธุ์อายุไม่ต่ำกว่า 8 เดือน ส่วนพ่อพันธุ์สามารถผสมได้ทันทีเมื่ออายุครบ 3 เดือน เม่นแคระเป็นสัตว์ที่มีช่วงการเป็นสัดเช่นเดียวกับสัตว์ชนิดอื่น แต่จะเป็นสัดได้ทุก 7 วัน การผสมพันธุ์ทำได้ไม่ยาก เพียงแต่รอให้พ่อพันธุ์แม่พันธุ์มีความสมบูรณ์เพียงพอ จากนั้นนำแม่พันธุ์ไปทิ้งไว้ในรังของพ่อพันธุ์ ปล่อยไว้ด้วยกันประมาณ 10 – 15 วัน จากนั้นนำแม่พันธุ์ออกไปเลี้ยงเดี่ยวจนกว่าจะออกลูก
ระหว่างเม่นแคระตั้งท้อง ไม่ควรจับหรืออุ้ม เพราะแม่เม่นแคระจะขดตัว การขดตัวของแม่เม่นแคระจะเป็นอันตรายต่อลูกเม่นแคระในท้อง ลูกที่ได้อาจพิการหรือเสียชีวิตได้ วิธีสังเกตเม่นแคระว่าตั้งท้องหรือไม่ ให้สังเกตพฤติกรรมของแม่พันธุ์ที่นำไปผสมแม่พันธุ์ที่ได้รับการผสมแล้วตั้งท้องจะมีอาการหงุดหงิดง่าย หวงตัว และเปลี่ยนท่านอนจากเดิมที่เม่นแคระทั่วไปจะนอนตะแคงเป็นท่านอนคว่ำราบไปกับพื้น
