ฤดูกาลเป็นสัดของจระเข้คือช่วงปลายเดือนธันวาคมถึงพฤษภาคมของทุกปี รวมระยะเวลาประมาณ 5 เดือน เวลาที่ใช้ผสมพันธุ์นานมากคือ 2 ชั่วโมง หลังจากผสม
พันธุ์ได้ประมาณ เดือนเศษนั้น ตัวเมียจะเริ่มวางไข่ประมาณเดือน มีนาคมถึงพฤษภาคม 1 ครั้งเท่านั้น ในปีหนึ่ง ๆ ก่อนถึงการวางไข่ประมาณ 2-3 วัน แม่จระเข้จะขึ้นมาบนพื้นที่วางไข่โดยใช้หางกวาดสร้างกองใบไม้สูงราว 40-80 เซนติเมตร และพาตัวเองขึ้นทับบนกองใบไม้เพื่อสร้างความร้อนพอประมาณ และเมื่อถึงเวลาวางไข่มันจะกลับมาขุดหลุมตรงกองหญ้ากองใบไม้ที่ทำไว้ โดยขุดลึกประมาณ 25-30 เซนติเมตร กว้างไม่เกิน 40 เซนติเมตร เมื่อเบ่งไข่แม่จระเข้มีความเจ็บปวดจนน้ำตาไหล โดยจะมีการวางไข่เวลากลางคืน จำนวนไข่จะเพิ่มจากน้อยไปหามากตามอายุของจระเข้ โดยจระเข้น้ำเค็มจะมีจำนวนไข่ที่มากกว่าจระเข้น้ำจืด แม่จระเข้ใช้เวลาฟักไข่ราว 65-80 วันกว่าลูกจะออกเป็นตัว แต่การฟักแบบธรรมชาตินั้นจะส่งผลเสียและอันตรายต่อการนำไปเลี้ยงบ่ออนุบาล ดังนั้นจึงควรนำไข่ออกมาฟักเอง เพื่อง่ายต่อการนำไข่ไปอนุบาล
