กล่าวคือ ต้องนำไข่ที่เก็บได้จากนั้นทำการขุดหลุมให้ลึกราว 5-7 เซนติเมตร เรียงไข่ลงในหลุมให้ติดกัน ห่างกันเล็กน้อย หลุมฟักไข่นั้นควรแยกไข่ที่ได้จากแม่พันธุ์
แต่ละตัว เพื่อเป็นการสังเกตุไข่ที่ฟักและไม่ฟักเป็นตัวได้ง่ายขึ้น ที่สำคัญผู้เลี้ยงจำเป็นต้องเตรียมอ่างน้ำไว้ สำหรับลูกตะพาบที่ฟักออกมาแล้ว เนื่องจากเมื่อเกิดการฟักไข่เสร็จสิ้นแล้วลูกตะพาบจะตะเกียกตะกายเข้าหาแหล่งน้ำที่ใกล้ที่สุดและสะอาดพอที่ลงไปอยู่ในน้ำทันที การเตรียมอ่างนั้นต้องทำขอบอ่างให้เสมอกับพื้นทรายเพื่อง่ายต่อการลงน้ำของตะพาบน้ำด้วย หากชักช้าอาจทำให้มดซึ่งเป็นศัตรูของตะพาบเข้ามาทำร้ายด้วยการกัดลูกตาจนตาบอดได้ ถือเป็นสิ่งที่ต้องระมัดระวังอย่างยิ่ง ความชื้นที่เหมาะสมในการฟักตัวของไข่นั้นอยู่ที่ประมาณ 30% อาจใช้วิธีพ่นน้ำลงบนทรายทุกวัน หรือ 2-3 วันครั้งเพื่อให้มีความชื้นหมาด ๆ ที่พอดีกับความต้องการของตะพาบน้ำด้วย ตะพาบน้ำที่ฟักตัวออกมามีขนาดเล็กมีกระดองกว้างราว 1 นิ้วเท่านั้นผู้เลี้ยงสามารถจับไปอนุบาลต่อได้ทันที
