ในการเตรียมบ่อสำหรับปลาช่อนนั้น มีทั้งบ่ออนุบาล และบ่อเลี้ยง ซึ่งแต่ละบ่อจะมีความแตกต่างกันในหลายส่วน
กรณีที่เป็นบ่ออนุบาลปลาช่อน ควรทำให้มีขนาดกว้างxยาว = 2X3 เมตร หรือขนาด 2×2 เมตร และมีความลึก 30 เซนติเมตร ก็ได้ และควรทำให้มีหลาย ๆ บ่อ ซี่งสามารถปล่อยปลาช่อนขนาดลูกปลาที่มีความความยาวลำตัวประมาณ 1-2 นิ้ว ได้ 2,000-3,000 ตัว และหากต้องการเลี้ยงที่จำนวน 10,000 ตัว ก็ควรทำบ่อ 2-3 บ่อ เพื่อใช้ในการอนุบาลลูกปลาไว้ประมาณ 30 วัน ที่สำคัญการป้องกันศัตรูของลูกปลาช่อนเข้ามาก่อกวนควรป้องกันบ่ออนุบาลด้วยการทำหลังคาคลุม เพื่อป้องกันงู นก ที่จะมากินลูกปลาช่อนด้วย
บ่อเลี้ยง ควรจัดทำให้มีขนาดกว้างxยาว 5×10 เมตร และมีความลึกราว 1 เมตร เมื่อมีการสร้างบ่อเสร็จต้องทำการกำจัดฤทธิ์ปูนโดยการแช่น้ำให้มีตะไคร่น้ำจับให้หมดฤทธิ์ก่อน จากนั้นใส่น้ำในบ่อโดยใส่ให้มีความลึกประมาณ 30 เซนติเมตร และควรใส่ผักตบชวาด้วยเพื่อให้ปลาช่อนได้มีที่สำหรับหลบแดด และป้องกันน้ำเน่าเสียได้ด้วย สำหรับบ่อเลี้ยงนั้นควรมีการสร้างไว้อย่างน้อย 2-3 บ่อ เพื่อการคัดขนาดของปลาที่มีขนาดเท่า ๆ กันนำมาเลี้ยงในบ่อเดียวกัน
