การเพาะพันธุ์ปลาช่อนสามารถทำได้ 2 วิธี คือ การผสมเทียม และอีกวิธีคือ การผสมพันธุ์แบบธรรมชาติ
การผสมเทียม ซึ่งในการผสมเทียมนี้ ใช้วิธีการผสมด้วยฮอร์โมนสังเคราะห์ สถานีประมงน้ำจืดจังหวัดสิงห์บุรี ใช้วิธีการฉีดฮอร์โมนนี้เร่งให้แม่ปลาช่อนวางไข่เพื่อจะรีดไข่ผสมกับน้ำเชื้อ หรือปล่อยให้ผสมกันเองตามธรรมชาติ ฮอร์โมนสังเคราะห์ได้แก่ LHRHa หรือ LRH-a โดยทำการใช้ร่วมกันกับ โดมเพอริโดน
สำหรับการฉีดเพียง 1 ครั้ง ที่ระดับความเข้มข้น 30 ไมโครกรัมต่อน้ำหนักแม่ปลา 1 กิโลกรัม ร่วมกับโดมเพอริโดน 10 มิลลิกรัม ต่อน้ำหนักแม่ปลา 1 กิโลกรัม ส่วนพ่อพันธุ์จะใช้ระดับความเข้มข้น 15 ไมโครกรัมต่อน้ำหนักพ่อปลา 1 กิโลกรัมกับโดมเพอริโดน 5 มิลลิกรัมต่อน้ำหนักพ่อปลา 1 กิโลกรัม จากนั้นราว 8-10 ชั่วโมง ก็สามารถรีดไข่ผสมกับน้ำเชื้อได้ และต้องทำการล้างน้ำหลาย ๆ ครั้ง เนื่องจากไข่ปลาช่อนมีไขมันมาก จากนั้นจึงนำไข่ไปฟักในถังไฟเบอร์กลาสขนาด 2 ตัน โดยต้องเพิ่มออกซิเจนผ่านหัวทรายโดยเปิดเบา ๆ ลงในถังด้วย กรณีที่ปล่อยให้พ่อแม่พันธุ์ผสมพันธุ์กันเองนั้นหลังจากที่แม่ปลาวางไข่แล้วต้องแยกไข่ไปฟักต่างหากเช่นกัน
