ตะพาบน้ำมีถิ่นที่อยู่อาศัยอยู่ตามแม่น้ำ ลำธาร และมักชอบอาศัยอยู่ตามแหล่งน้ำนิ่ง พื้นดินก้นน้ำเป็นดินตะกอนดิน หรือทราย ซึ่งขึ้นอยู่กับตะพาบน้ำแต่ละชนิด
หรือสายพันธุ์ที่มักเลือกอยู่อาศัยตามธรรมชาติของมัน แต่บางครั้งอาจพบว่ามีตะพาบน้ำบางชนิดอาศัยอยู่ตามแหล่งน้ำไหลก็เป็นได้ แต่โดยรวมแล้วตะพาบจะอาศัยอยู่ตามแหล่งน้ำขังตลอดปี และมีการขึ้นบกบ้างเป็นครั้งคราว
