สำหรับปลากระเบนนั้นก็ถือเป็นสัตว์น้ำอีกชนิดหนึ่งที่ ที่ต้องเลี้ยงในน้ำที่มีคุณภาพเหมือนกับสัตว์น้ำหลาย ๆ ชนิด หากคุณภาพน้ำที่
ใช้เลี้ยงมีคุณภาพต่ำ มีความสกปรกมาก ก็ส่งผลให้ปลากระเบนป่วย หรือตายได้เช่นกัน สิ่งสำคัญที่ผู้เลี้ยงปลากระเบนต้องมีคือ ระบบกรองน้ำเพื่อให้น้ำที่ใช้มีความสะอาดและดีต่อสุขภาพของปลากระเบนอยู่ตลอดเวลา และการใช้เครื่องกรองน้ำเป็นตัวคัดกรองคุณภาพของน้ำแล้ว ยังช่วยในเรื่องของการประหยัดค่าใช้จ่ายในการเปลี่ยนถ่ายน้ำอีกด้วย ซึ่่งวิธีที่แน่นอนที่สุด คือการวัดค่าความเป็นกรด และด่างของน้ำให้มีสภาพที่เหมาะสมกับความต้องการของปลากระเบนมากที่สุด ซึ่งค่าพีเอชของน้ำจะอยู่ที่ 6.5-9 สำหรับประเทศไทย ซึ่งการวัดค่าพีเอชของน้ำนี้ควรกระทำทุกเดือน เพื่อเป็นการควบคุมคุณภาพของน้ำ และลดปัญหาที่อาจส่งผลต่อสุขภาพของปลากระเบนได้อีกทางหนึ่งด้วย ปลากระเบนเป็นสัตว์ที่ไวต่อความสกปรกมาก ดังนั้น การจัดการเรื่องน้ำจึงถือเป็นสิ่งสำคัญอย่างมากในการเลี้ยงปลากระเบน น้ำประปาที่ใช้ต้องทำการพักไว้ระยะหนึ่งก่อนเนื่องจากปลากระเบนมีความอ่อนแอกับคลอรีนมากการพักน้ำจะช่วยลดปัญหาเหล่านี้ได้ จากนั้นจึงให้น้ำผ่านถังกรองคลอรีนเป็นขั้นตอนที่สอง ก่อนถ่ายลงสู่บ่อเลี้ยง แต่หากคุณภาพน้ำดีอยู่แล้วผู้เลี้ยงก็ไม่จำเป็นต้องถ่ายน้ำบ่อยก็ได้ เพียงแต่ใช้การวัดค่าพีเอชของน้ำเป็นสำคัญก็พอ จะช่วยลดต้นทุนของน้ำได้มาก
