1. บ่อพ่อแม่พันธุ์
2. บ่อขนาดขุน หรือขนาดส่งตลาด
3. บ่ออนุบาล
สำหรับบ่อพ่อแม่พันธุ์นั้นสำหรับผู้เลี้ยงรายย่อยอาจไม่จำเป็น เพราะถือว่าเกินตัว แต่หากคิดจะเลี้ยงเป็นอาชีพแล้วล่ะก็หากทำบ่อพ่อแม่พันธุ์เองได้
ก็จะเป็นการประหยัดต้นทุนการผลิตได้มากเลยทีเดียว
เพื่อง่ายต่อการทำความเข้าใจสามารถแบ่งบ่อตะพาบน้ำออกเป็น 3 ส่วน ได้ดังนี้คือ
1. ส่วนที่อยู่อาศัย
2. ส่วนให้อาหาร
3. ส่วนวางไข่
ส่วนที่อยู่อาศัยนั้นกินพื้นที่ไปราวเกือบทั้งหมดของบ่อ และควรสร้างบ่อให้เป็นบ่อคอนกรีตเทพื้นสูงเพื่อเป็นการหลบหนี โดยต่อเป็นผนังคอนกรีตลึกลงไปจากระดับผิวน้ำประมาณ 75-100 เซนติเมตร และก่อนคอนกรีตให้สูงจากระดับน้ำประมาณ 50 เซนติเมตร ส่วนพื้นบ่อต้องเป็นดินเหนียว อัดพื้นให้แน่น เพื่อป้องกันตะพาบน้ำหลบหนีได้และที่สำคัญผู้เลี้ยงจำเป็นต้องสร้างโคลนไว้ที่พื้นบ่ออีกด้วย โดยใช้ดินโคลนราดลงพื้นบ่อ จากการทดลองขณะคณะประมง แห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พบว่าตะพาบน้ำ 1 ตัวใช้พื้นที่ไม่ถึง 1 ตารางเมตร บ่อตะพาบน้ำพ่อแม่พันธุ์ควรเป็นบ่อเปิดโล่ง ไม่จำเป็นต้องมีหลัง ส่วนต่อไปคือส่วนให้อาหาร เหตุที่ต้องแยกส่วนให้อาหารเฉพาะ เพื่อลดปัญหาน้ำเน่าเสีย และช่วยส่งผลให้ตะพาบน้ำมีการเจริญเติบโตได้ดียิ่งขึ้น หากลดปัญหานี้ได้ บริเวณให้อาหารอาจสร้างเป็นเนินลาดขึ้นไปจากตัวบ่อ และวางอาหารไว้ให้บนเนินหรืออาจสร้างคันเตี้ย ๆ กั้นระหว่างที่วางอาหารกับที่อยู่อาศัยแยกแจกกัน เพื่อป้องกันไม่ให้อาหารเศษเหลือตกลงไปเน่าเสียในบ่อ ส่วนสุดท้ายคือส่วนวางไข่ จะสร้างเป็นเนินทรายระดับไม่สูงจากพื้นมากนัก โดยโรยทรายไว้ในบริเวณวางไข่ให้หนาประมาณ 20-30 เซนติเมตร บริเวณนี้อาจกั้นผนังมิดชิดและมีหลังคาให้ด้วย จะเป็นการดี เพราะนอกจากตะพาบใช้วางไข่แล้วยังใช้พักผ่อนด้วย สิ่งที่จำเป็นอีกส่วนคือเรือนเพาะฟัก
