1. ฟักตามธรรมชาติ คือการฟักในดิน ให้แม่จระเข้ฟักเอง แต่มีผลเสียเรื่องการนำไปเลี้ยงอนุบาลต่อไป
2. ฟักแบบเลียนแบบธรรมชาติ โดยการนำถังส้วมที่มีขายทั่วไปมาตั้งไว้ในห้อง เอาดินใส่ถัง จัดภาชนะสำหรับใส่ไข่ฟัก เช่นหม้อ อ่านดินเผา ภายในบรรจุด้วยกระดาษตัดฝอย จากนั้นนำไข่ใส่ปิดฝาถังส้วม โดยให้ภาชนะบรรจุไข่อยู่สูงกว่าระดับพื้นดินเล็กน้อย และปิดทับด้วยกระดาษฝอยด้านบนอีกครั้ง และปิดเครื่องฟักไข่แบบง่าย ๆ นี่ด้วยฝาสังกะสี ทรงกรวย มีช่องระบายอากาศด้านบน เพื่อให้ความอบอุ่น ซึ่งวิธีนี้มีอัตราการฟักรอดราว 40-80%
3. ฟักโดยใช้ตู้ฟักไฟฟ้า เนื่องจากการฟักต้องใช้ความชื้นสูงมาก ดังนั้นน้ำในตู้ต้องปล่อยให้น้ำไหลหยดเข้าตลอดเวลา ส่วนล่างของตู้ฟักจะมีถาดรองรับน้ำ ถาดสำหรับวางไข่ จระเข้ที่ใช้ฟักต้องบรรจุดินร่วนปนทราย วางไข่ในแนวนอน ประมาณ 180 องศา และห้ามกลับไข่ขณะฟักเด็ดขาด อาจทำให้ฟักไม่ออกได้ วิธีนี้ไข่จะฟักเป็นตัวห่างกันไม่เกิน 2-3 วัน ใช้เวลาฟักราว 68-72 วัน และ 78-85 วัน จากนั้นจระเข้จะเจาะไข่ออกมาโดยใช้ตุ่มที่ปลายจมูก ข้อระวังห้ามช่วยเหลือในการฟักของจระเข้เพราะเมื่อได้ลูกออกมาแล้วแต่อาจเลี้ยงต่อไม่รอด และต้องทำการตัดสายสะดือ ทำความสะอาด โดยสายสะดือที่ตัดตัดให้เหลือราว ½ นิ้ว ทาแผลตัดด้วยทิงเจอร์ เพื่อป้องกันการติดเชื้อ และสามารถนำไปอนุบาลต่อได้
