อาหารที่ใช้ให้ตะพาบน้ำนั้น มีทั้งพืชผัก และเนื้อสัตว์ ซึ่งมีการให้ปะปนกันไป ตะพาบน้ำไต้หวันใช้หนอน หรือกุ้งบดละเอียด เมื่อโตขึ้นใช้ปลาสับเป็นชิ้นเล็ก ๆ
หรืออาจผสมไข่แดงของไข่ไก่ลงไปด้วย เมื่อเข้าสู่ระยาขุน ก็ใช้ปลาสับล้วน ๆ หรือปลาสับผสมปลาไหลสับเป็นชิ้นเล็ก ๆ เป็นอาหาร
สำหรับกรเลี้ยงในประเทศไทย อาหารที่ใช้เป็นหลักคือปลาเป็ด นำมาโม่ให้ละเอียดผสมกันกับอาหารหมู โดยปลาเป็ด 10 ส่วน ต่ออาหารหมู 1 ส่วน หรือผสมอาหารปลาดุกก็ได้ ซึ่งบางครั้งผู้เลี้ยงบางท่านอาจมีการปรับสูตร เช่นรำข้าว ข้าวโพดป่น แต่ที่สำคัญต้องใช้ปลาเป็ดเป็นหลัก
อัตราการให้อาหาร คือให้ตามน้ำหนักตัว คือ 20% ของน้ำหนักตัว วิธีการให้นั้นจะใช้การนำอาหารไปวางสำหรับส่วนให้อาหารที่จัดทำเป็นเนินไว้เรียบร้อยแล้ว อาหารบางชนิดตะพาบน้ำชอบมาก เช่นมะละกอสุก สามารถเพิ่มเป็นอาหารเสริมได้ด้วย ตะพาบน้ำมักประสบปัญหาตัวมีกลิ่นคาว วิธีแก้สามารถเพิ่มขนาดบ่อให้กว้างขึ้น หรือเปลี่ยนการให้อาหารเป็นประเภท กุ้งฝอย หรือหอยขม ให้แพร่พันธุ์ในบ่อให้ตะพาบหาอาหารกินเองจะลดปัญหากลิ่นคาวได้มาก
