การอยู่ร่วมกันของเม่นแคระเพศผู้และเพศเมีย สามารถอยู่ร่วมกันได้ตลอดชีวิตแต่ถ้าเป็นเพศเดียวกันจะไม่ยอมกัน โดยเฉพาะเพศ
ผู้หากอยู่ด้วยกันจะแย่งถิ่นที่อยู่เพราะเม่นแคระเป็นสัตว์หวงถิ่น จะทำให้เพศผู้กัดกันจะพิการหรือตาย รวมถึงเมื่อเวลาเพศเมียออกลูก ไม่ควรให้พ่ออยู่ด้วยเพราะเมื่อลูกเม่นเคระออกมาพ่อเม่นแคระจะฆ่าลูกเม่นแคระตายหมด
